Sveučilište u Dubrovniku ima šest odjela:
Odjel za ekonomiju i poslovnu ekonomiju, Pomorski odjel, Odjel za elektrotehniku i računarstvo, Odjel za akvakulturu, Odjel za komunikologiju, Odjel za umjetnost i restauraciju, i studije izvan Odjela – preddiplomski sveučilišni studij Povijest Jadrana i Mediterana, stručni preddiplomski studij Sestrinstvo i specijalistički diplomski stručni studij Kliničko sestrinstvo.
Na njima se izvodi četrnaest trogodišnjih sveučilišnih preddiplomskih studija, tri trogodišnja stručna preddiplomska studija, dvanaest dvogodišnjih sveučilišnih diplomskih studija, dva dvogodišnja stručna diplomska studija, jedan poslijediplomski specijalistički studij i pet međusveučilišnih poslijediplomskih (doktorskih) studija. Novost je i Master Double Degree program Odjela za ekonomiju i poslovnu ekonomiju Sveučilišta u Dubrovniku i studija ekonomije i marketinga Sveučilišta u Palermu, koji je s izvedbom započeo akademske 2016./2017. U sastavu Sveučilišta je i Institut za more i priobalje i Zavod za mediteranske kulture, a izvaninstitucionalno je povezan i Studentski centar.
Osnovna obilježja Sveučilišta u Dubrovniku su:
- organizacijski ustroj koji nije kopija postojećih sveučilišta u Republici Hrvatskoj i financijsko poslovanje koje omogućuje potpunu integriranost Sveučilišta;
- odjeli, na kojima se izvode sveučilišni i stručni studiji, te se ustrojava i izvodi nastavni, znanstveni i visokostručni rad u jednom znanstvenom ili stručnom polju;
- izvedba nastavnih planova i programa u potpunosti usklađenih s preporukama Bolonjske deklaracije;
- osiguranje prijenosa ECTS-kredita i mobilnost studenata i nastavnika;
- poticanje aktivnog uključivanja studenata u nastavni proces, upravna tijela i istraživačke projekte te njihove izvannastavne aktivnosti;
- kontinuirano praćenje kvalitete nastavnih aktivnosti temeljem obostranoga ocjenjivanja nastavnika i studenata;
- poticanje nastavnog i znanstvenog usavršavanja nastavnika i suradnika;
- održavanje i unapređenje unutarnjeg sustava kvalitete rada i poslovanja;
- praćenje potreba gospodarstva i društvene zajednice pri izradi novih nastavnih planova i programa kojima je ishodište u tradiciji i kulturi Dubrovnika, ali uz uvođenje novih i suvremenih programa na kojima će se stvarati nove tradicije;
- otvorenost prema međunarodnoj suradnji radi privlačenja međunarodnih programa i stranih studenata.
